Plateforme d'imagerie OMERO

Contexte

Le projet AuBi - OMERO (Open Microscopy Environment image store) vise à mettre en place une infrastructure permettant la gestion mutualisée d'images et de leurs metadonnées en Sciences de la Vie. OMERO est approprié pour un travail distant et collaboratif au sein d'un projet ou d'une équipe.

Plus d'informations sur le fonctionnement de OMERO en suivant ce lien

Commencer avec OMERO

La plateforme web OMERO du Mésocentre Clermont Auvergne est accessible depuis le lien omero.web. Prendre contat avec la plateforme CLIC pour identifier votre référent Imagerie ou responsable de la plateforme imagerie de votre laboratoire.

Où stocker ses images ?

Groupe "Public"

Ce groupe permet de stocker des images en mode "Vitrine" puisque les images sont accessibles sans être authentifié sue un compte. Ce groupe est destiné à contenir des images publiées ou en cours de publication. Pour déposer des images, merci de contacter les administrateurs.

Groupe AuBi

Vous pouvez depuis ce groupe faire des tests pour importer vos images. Cet espace est à utiliser avec modération et du nettoyage pourra être programmé si le besoin se fait de libérer de l'espace. Cet espace n'est donc pas destiné à héberger des données uniques.

Groupe Projet ou Labo

A l'ouverture de votre compte, vous devez contacter les administrateurs afin de créer ou bien de vous associer à un projet existant. Une courte formation aux bonnes pratiques de stockage des données et méta-données est proposée afin de prendre les bonnes habitudes FAIR dès le début des projets. N'hésitez pas à vous renseigner.

Importer des images

Formats

OMERO utilise la libraire Java Bio-formats et prend en charge les formats standards.

Import avec Omero.insight

L'importation des images nécessite l'installation de l'application Omero.insight sur votre ordianteur en local. Depuis le site officiel, selon votre OS, sélectionnez le OMERO.insight-XX.exe pour Windows, le OMERO.insight-XX.dmg pour MACOS, le OMERO.insight-XX.zip pour Linux.

Depuis un OS Linux en local :

$ ~/Apps/
$ sh OMERO.insight-5.6.1/bin/omero-insight

Après avoir démarré Omero.insight et paramétré l'accès au serveur, cliquer sur l'icône de la clé. Un nouvelle fenêtre apparaît, cliquer ensuite sur le "+", et entrer l'adresse du serveur omero.mesocentre.uca.fr.

Science Ouverte et PGD

Un PGD entité "imagerie AuBi" est téléchargeable depuis le site DSW

Soutiens et collaborations

AuBi contribue à l'action COST INDEPTH. Dans ce cadre, une instance localisée à l'Université de Floride OMERO-FSU est accessible sans ouverture de compte. AuBi participe à la cellule de travail Science Ouverte de l'UCA en développant des outils collaboratifs tel que Madbot, anciennement OpenLink, en lien avec l'imagerie et les Plans de Gestion des Données.