Le service Cloud IFB-Biosphère

Contexte

Le Cloud Biosphère est une mutualisation d'infrastructures Cloud des plateformes membres de l'Institut Français de Bioinformatique.

La plateforme est accessible après une demande d'ouverture de compte avec une adresse mél institutionnelle depuis cette page web. Vous devez sélectionner votre fournisseur d'idéntité (INSERM, CNRS, INRAE, Université Clermont Auvergne, ...).

Commencer avec Biosphère

Une documentation de Biosphère est accessible depuis la page d'accueil : documentation

Paramétrer son compte utilisateur / utilisatrice

rejoindre un groupe (UMR, projets, ...) pour avoir un quota d'heures de calcul
votre UMR fait partie de la plateforme AuBi ? Vous pouvez demander à rejoindre le groupe AuBi-Utilisateurs.
choisissez votre Cloud de connexion par défaut : ifb-aubi-oscar
selon vos besoins, si vous avez besoin d'une connexion ssh, vous devez au préalable renseigner la clé publique d'authentification. Vous pouvez renseigner plusieurs clés publiques si vous prévoyez de vous connecter depuis différents ordinateurs. Une documentation succinte pour générer votre paire de clés est disponible en suivant ce lien

Accéder à un espace de travail

Des machines configurées avec des outils de bioinformatique (VM, Appliances) sont disponibles depuis le catalogue sur le portail RAINBio.

Sélectionnez un gabarit d'images Cloud correspondant à votre besoin de ressources en calcul (CPU, GPU), en mémoire vive (RAM) et en stockage (Go, To). Quand vous débutez, il est délicat de choisir le bon gabarit, alors commencer petit pour la découverte du service avec un petit gabarit. A l'usage vous évaluerez mieux vos besoins ! m = CPU mutualisé c = CPU (besoin en calcul nécessitant tout le CPU) tr = training : gabarit configuré pour le training

Usages avec les services développés à l'UCA (uniquement depuis des VM `ifb-aubi-oscar`)

BioMAJ

Les données publiques stockées en miroir sur le cluster de calcul (/storage/databanks/bio) et sur l'instance Galaxy-AuBi sont disponibles dans l'espace /data

STORM

La documentation permettant d'accéder aux espaces de stockage STORM des laboratoires est disponible en cliquant sur cette page web.

Bonnes pratiques

Anticipez votre besoin et démarrez votre machine environ 15~20 minutes avant son utilisation.
Si vous installez des outils, privilégier l'usage d'un script, idéalement dans une forge afin de gérer les versions. Un service gitlab est à la disposition des usagers du Mésocentre à cette adresse.
Récupérez vos résultats et détruisez votre machine à la fin de son utilisation. Une machine activée consomme des ressources et votre quota, que vous l'utilisiez ou non.